Casusluk dünyasında bazı isimler fısıltıyla anılır, bazıları ise birer efsanedir. Sam Fisher (Tom Hardy) ise o efsanelerin bile korkuyla andığı bir gölgedir. Ulusları kurtaran, rejimleri deviren ve sayısız gizli operasyona imza atan bu "Splinter Cell" ajanı, artık kanlı ve yorucu geçmişini geride bırakarak inzivaya çekilmiştir. Onun için savaş bitmiş, gölgeler dağılmıştır.
Ancak geçmiş, Fisher gibi adamların peşini asla bırakmaz. Bir gece, kapısı çaldığında karşısında bulduğu kişi, onun unutmaya çalıştığı hayatın canlı bir kanıtıdır: ağır yaralı, çaresiz ve peşindeki hayaletlerden kaçan genç bir ajan. Bu çaylak ajan, ölümcül bir tuzağa düşürülen ekibinden geriye kalan tek kişidir ve elinde, küresel dengeleri alt üst edebilecek, teknoloji ve ihanetle örülmüş devasa bir komplonun ilk parçasını tutmaktadır.
Sistemin içindeki hainler yüzünden güvenebileceği kimse kalmayan genç ajan, son çare olarak efsanenin kapısını çalmıştır. Başta bu tehlikeli dünyaya dönmeyi reddeden Fisher, genç ajanın gözlerinde kendi geçmişini ve bu komplonun ardındaki imzanın tanıdık izlerini görür. Bu, sadece bir görev değil, aynı zamanda kişisel bir hesaptır.
İstemeden de olsa sahalara geri dönen Sam Fisher, teknolojik üstünlüğe sahip, acımasız bir düşmana karşı en iyi bildiği şeyi yapmak zorundadır: bir hayalete dönüşmek. Çaylağına akıl hocalığı yaparken, ikili, yüksek teknolojiyle donatılmış gizli üslerden uluslararası metropollerin karanlık sokaklarına uzanan ölümcül bir kedi ve fare oyununa başlar. Fisher, efsanevi yeteneklerini kullanarak komplonun katmanlarını bir bir ortaya çıkarırken, aynı zamanda bu genç ajana gölgelerde hayatta kalmanın bedelini de öğretmek zorunda kalacaktır.