Köstebekgiller ailesi, Köstebekya'daki sakin hayatlarına devam ederken, Köstan Amca'nın eski bir haritayı bulmasıyla kendilerini bir anda büyük bir maceranın içinde bulurlar. Bu harita, tüm canlıların geleceği için hayati önem taşıyan, genetiğiyle oynanmamış, saf ve doğal "Ata Tohumları"nın yerini göstermektedir. Ancak bu değerli tohumların peşinde olan sadece onlar değildir.
Tüm dünyadaki gıda kaynaklarını ele geçirip insanları sağlıksız ürünlere mahkum etmek isteyen kötü niyetli ve teknoloji bağımlısı bir iş insanı olan Tiko ve onun sakar yardımcıları, tohumları Köstebekgiller'den önce ele geçirmek için her yolu denemektedir. Köstebekgiller ailesi için artık zamana karşı bir yarış başlamıştır. Boyo, Süslü, Kösteban ve diğer aile üyeleri, hem Tiko'nun teknolojik tuzaklarını aşmak hem de haritadaki bilmeceleri çözerek tohumlara ulaşmak zorundadır.