"Parmak Çocuk Emma", hayvanlar tarafından sevgiyle büyütülen ancak kendisini her zaman farklı hisseden minik insan kızı Emma'nın, gerçek kökenlerini bulmak için çıktığı macera dolu yolculuğu konu alıyor.
Emma, ormanın derinliklerinde hayvan bir aile tarafından evlat edinilmiş, parmak kadar küçük bir insan kızıdır. Sevgi dolu bir ortamda büyümüş olsa da, çevresindeki herkesten farklı olduğunun bilincindedir ve insan kökenlerinin gizemini çözmeyi hayal etmektedir.
Gerçek ailesini bulmak için bir gün büyük bir karar alan Emma, cesaretini toplayarak yola çıkar. Bu olağanüstü yolculukta yalnız değildir. Yolda, dâhi bir mucit olan zeki kaplumbağa Newton ve ona yardım etmeye kararlı iyi kalpli bir biyolog olan Edward ile tanışır.
Üç cesur dost, Emma gibi diğer minik insanların yaşadığı söylenen gizemli ve saklı bir adayı bulmak için tehlikelerle dolu bir maceraya atılır.