Saksı Olmanın Faydaları, lise hayatına yeni başlayan utangaç ve içe dönük Charlie'nin, kendisi gibi uyumsuz olan iki üst sınıf öğrencisiyle tanışarak hayata, aşka ve arkadaşlığa dair derin keşifler yapmasını konu alıyor.
Film, psikolojik sorunlarla boğuşan, utangaç ve içe dönük bir genç olan Charlie'nin (Logan Lerman) lise hayatına yeni başlamasıyla açılır. Hayata karşı mesafeli duran ve "saksı" gibi gözlemci kalmayı tercih eden Charlie, kendini yalnız hisseder ve okulda yeni arkadaşlar edinmekte zorlanır.
Ta ki karizmatik ve özgür ruhlu Sam (Emma Watson) ve onun neşeli üvey kardeşi Patrick (Ezra Miller) ile tanışana dek. Sam ve Patrick, kendileri de toplumun "uyumsuzları" olarak görülen, dışlanmış ancak hayat dolu iki üst sınıf öğrencisidir. Onlar, Charlie'yi kendi eksantrik ve sıcak arkadaş gruplarına kabul ederler.
Bu yeni dostluklar, Charlie'nin hayatını tamamen değiştirir. Artık sadece gözlemci bir "saksı" olmaktan çıkar, aktif olarak hayatın içine katılır. Sam ve Patrick sayesinde ilk aşkı, kalp kırıklığını, gerçek dostluğun ne anlama geldiğini ve gençliğin getirdiği tüm zorlukları ve güzellikleri deneyimler. Ancak Charlie'nin geçmişindeki karanlık sırlar ve travmalar, yüzeye çıkmaya başladıkça bu yeni bulduğu mutluluk tehlikeye girer.