İkinci filmin hemen sonrasında başlayan hikayede, öldürülen melez Eve'in cesedini taşıyan bir askeri konvoyda, Eve'in bedeninden yeni bir bebek doğar. Bu bebeği, hırslı bilim insanı Dr. Abbot (Robert Knepper) gizlice kaçırır ve kendi evindeki laboratuvarında büyütür.
Sara (Sunny Mabrey) adını verdiği bu bebek, günler içinde yetişkin bir kadına dönüşür. O, genetik olarak "mükemmel" yeni bir dişi melezdir. Dr. Abbot, Sara'yı kullanarak insanlığın yerini alacak üstün bir ırk yaratmayı planlar. Ancak Sara, kendi türünü devam ettirmek için acilen bir eşe ihtiyaç duyarken, önceki filmden hayatta kalan "kusurlu" ve ölmekte olan diğer melezler, hayatta kalmak için tek çarelerinin Sara'nın yumurtaları olduğuna inanarak onun peşine düşer. Bu kaosta, Dr. Abbot'un vicdanlı üniversite asistanı Dean (Robin Dunne), hem Sara'nın tehlikeli planlarını hem de peşindeki diğer melezleri durdurmak için tek başına bir mücadeleye girişir.